Công nghệ chụp cắt lớp phát positron ngoài việc dùng để phát hiện ung thư, còn có thể có vai trò quan trọng trong cuộc chiến chống AIDS nhờ xác định được tác động của virus đối với hạch lympho trong xạ trị liệu hoặc phẫu thuật.
Các nhà nghiên cứu Mỹ tiến hành chụp PET toàn cơ thể của 15 bệnh nhân HIV và đã thấy những vị trí đáp ứng miễn dịch khá khác biệt trong từng giai đoạn của bệnh: ở giai đoạn đầu, các hạch lympho vùng đầu và cổ được hoạt hóa, nhưng trong giai đoạn sau virus kích thích đáp ứng miễn dịch vùng thân rồi mới tới ruột.
HIV/AIDS được điều trị bằng thuốc kháng retrovirus. Phẫu thuật hoặc xạ trị sẽ mở ra hướng điều trị mới cho căn bệnh hiện có 42 triệu người mắc trên toàn thế giới. Trong khi ở bệnh nhân ung thư, chụp PET đánh giá hoạt động của tế bào ung thư, thì ở bệnh nhân HIV nó phát hiện mức độ phản ứng miễn dịch.
Một số nhà nghiên cứu khác cũng dùng chụp PET để theo dõi tiến triển HIV và cho rằng việc cắt bỏ hạch lympho giúp bệnh nhân có thể ngừng điều trị thuốc chống retrovirus. Tiến triển của HIV phát hiện bằng PET giúp ta có thể triển khai công cụ tiên lượng HIV, thay thế thuốc đang dùng không kết quả hoặc điều trị các bệnh khác.